Согласно армянским средневековым источникам поселение впервые было упомянуто как Вараракн (с армянского переводится как “быстротечный ручей”). Это название оставалось в употреблении вплоть до 1847 года, затем было переименовано в Ханкенди. Азербайджанские источники говорят, что поселение было основано в конце 18-ого века как частная резиденция ханов Карабахского ханства и, поэтому называлось Ханкенди (с тюркского переводится как «деревня хана»). После того как Российская империя завоевала территорию Карабахского ханства во время русско-персидской войны в 1804-1813 гг., название Ханкенди было отмечено на русских картах.

Советское правительство в 1923 году переименовало Ханкенди в Степанакерт, в честь Степана Шаумяна, этнического армянского лидера 26 бакинских комиссаров, а, после того, как погром в Шуши – бывшей региональной столице привел к крупному разрушению города, Степанакерт стал столицей Нагорно-Карабахской автономной области (НКАО). Со временем Степанакерт стал самым важным городом в регионе (он получил статус города в 1940 году). Его население увеличилось с 10 459 человек в 1939 году до 33 000 в 1978 году.

В 1926 году муниципальные власти приняли новый план города, разработанный известным армянским архитектором Александром Таманяном. Два дополнительных проекта для расширения города были утверждены позднее в 1930-х и 1960-х годах, оба из которых сохранили первоначальный план архитектора. Было создано несколько школ и две поликлиники, а в 1932 году был создан армянский драматический театр имени М. Горького. Степанакерт служил главным экономическим центром Нагорного Карабаха, и к середине 1980-х годов в городе было 19 производственных объектов.

В период СССР Степанакерт был столицей НКАО в составе Азербайджанской ССР в период с 1923 по 1991 год. После провозглашения независимости Арцаха в 1991 году Степанакерт продолжал свой статус политического и культурного центра вновь созданной республики, являющейся родиной всех национальных учреждений: Дома правительства, Национального собрания, Президентского дворца, Конституционного суда, всех министерств, судебных органов и других правительственных организаций.

Арцах – президентская республика, после конституционного референдума 2017 года. Должность премьер-министра была упразднена, и исполнительная власть теперь за президентом, который теперь является главой государства и главой правительства. Президент избирается непосредственно в течение двух последовательных пятилетних сроков. Нынешним президентом является Бако Саакян. 19 июля 2012 года Саакян был переизбран на второй срок. Он был снова переизбран на третий срок 19 июля 2017 года. Национальное собрание является однопалатным законодательным органом. В нем 33 депутата, которые избираются на 5-летние сроки.